یکی از معضلات اصلی کارگران مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، اخراج قبل از تمام شدن مدت قرارداد است؛ معمولاً کارفرمایان با پرداخت مبلغی به عنوان خسارت، این کارگران را قبل از انقضای مدت قرارداد، اخراج میکنند و به همین دلیل است که سطح «امنیت شغلی» در این مناطق، پایینترین میزان در سراسر کشور است؛ این در حالیست که به گفتهی یک حقوقدان، رای و نظر جدید فقهای شورای نگهبان، این امکان را از کارفرمایان سلب کرده است، دیگر اخراج قبل از خاتمه مدت قرارداد به هیچ شکل ممکن نیست.