ساخت سریال موسی کلیم الله بی حاشیه هم نبوده است. اولین و مهم ترین آن ها تغییر سه باره کارگردان های این سریال بود. ابتدا قرار بود فرج‌الله سلحشور این پروژه را کارگردانی کند، اما با درگذشت او، کارگردانی به جمال شورجه سپرده شد. در نهایت هم با بیماری شورجه، ابراهیم حاتمی‌کیا مسئولیت کارگردانی را بر عهده گرفت.
